Η ΒΙΟΝΤΗΖΕΛ Ε.Π.Ε. σε συνεργασία με τη επιτροπή ερευνών του ΑΡΙΣΤΟΤΕΛΕΙΟΥ ΠΑΝΕΠΙΣΤΗΜΙΟΥ ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΣ έχει λάβει μέρος στα εξής ερευνητικά προγράμματα :

1. «Διερεύνηση των δυνατοτήτων προώθησης αυτούσιων (100%) βιοκαυσίμων στην ελληνική αγορά». (2007)
2. «Ανάπτυξη και εφαρμογή ενός εργαλείου λήψης απόφασης στην παραγωγή βιοντίζελ για τη δημιουργία ενός δικτύου εφοδιαστικής αλυσίδας από χρησιμοποιημένα τηγανέλαια». (2009)
3. «Διερεύνηση απευθείας συλλογής χρησιμοποιημένων τηγανελαίων στην ευρύτερη περιοχή της Θεσσαλονίκης». (2009-2011)
4. «Εκτίμηση ων επιπτώσεων από την μακροχρόνια αποθήκευση βιοντίζελ». (2011-2013)
5. «Διερεύνηση των δυνατοτήτων παραγωγής βιοντίζελ 2ης γενιάς από κλάσματα βιομάζας αστικών και βιομηχανικών αποβλήτων». (2012-2013)

Σε συνεργασία με το ΕΘΝΙΚΟ ΚΕΝΤΡΟ ΕΡΕΥΝΑΣ ΚΑΙ ΤΕΧΝΟΛΟΓΙΚΗΣ ΑΝΑΠΤΥΞΗΣ συμμετέχει στο ερευνητικό πρόγραμμα :
«GLYC2BIOD : Αξιοποίηση ακατέργαστης γλυκερίνης από τα παραπροϊόντα της βιομηχανίας βιοντίζελ για παραγωγή βιοκαυσίμων 2ης γενιάς και πρωτεϊνούχων προσθέτων ζωοτροφών με καινοτόμες βιοτεχνολογικές μεθόδους» (2018-2021).